Bối cảnh nghiên cứu

Hội chứng hô hấp cấp tính nặng do virus Corona 2 (SARS-CoV-2) gây ra đại dịch được gọi là COVID-19, và các nước có thu nhập thấp và trung bình bị ảnh hưởng nhiều hơn. Việc tiếp cận chẩn đoán chính xác về tình trạng nhiễm SARS-CoV-2 cho phép điều trị kịp thời và phù hợp cũng như ngăn chặn sự lây truyền, nhờ đó đóng vai trò quan trọng trong việc giảm thiểu tác hại từ đại dịch. Tiêu chuẩn vàng hiện nay để phát hiện SARS-CoV-2 là phản ứng chuỗi polymerase thời gian thực (PCR) phiên mã ngược trên các mẫu mũi họng (NPS). Mặc dù có độ chính xác cao nhưng khả năng tiếp cận PCR rộng rãi bị hạn chế do nhu cầu đầu tư vốn đáng kể vào cơ sở hạ tầng phòng xét nghiệm phân tử, đội ngũ nhân viên lành nghề, thuốc thử đắt tiền và đồ dùng một lần trong phòng xét nghiệm. Việc sử dụng NPS để lấy mẫu gây khó chịu cho bệnh nhân và khiến người lấy mẫu gặp rủi ro nhiễm trùng mà chỉ có thể khắc phục bằng thiết bị bảo hộ cá nhân (PPE) đắt tiền. Những yếu tố này có thể gây ra những trở ngại lớn cho việc chẩn đoán phân tử ở những nơi có nguồn lực hạn chế. Indonesia là một quốc gia quần đảo với 274 triệu dân ở Đông Nam Á và có nhiều vùng nông thôn, biệt lập và nghèo khó với tỷ lệ lây truyền, mắc bệnh và tử vong cao do SARS-CoV-2. Dịch vụ y tế trên hòn đảo Sumba xa xôi, nghèo khó ở miền đông Indonesia phải đối mặt với nhu cầu vận chuyển NPS bằng đường hàng không trong môi trường vận chuyển virus đến phòng thí nghiệm tham chiếu trên đảo Timor, thường phải chờ nhiều ngày hoặc nhiều tuần để có kết quả. PCR đẳng nhiệt chẳng hạn như khuếch đại đẳng nhiệt qua trung gian vòng (LAMP) đang là công cụ mới nổi thay thế cho phương pháp RT-PCR vì có những ưu điểm như khuếch đại ở nhiệt độ không đổi, loại trừ máy quay vòng nhiệt, cho kết quả xét nghiệm nhanh hơn và có khả năng khả năng chẩn đoán lớn hơn.

Mục tiêu

Để tăng khả năng tiếp cận chẩn đoán SARS-CoV-2, chúng tôi đã đánh giá phương pháp lấy mẫu và xét nghiệm dễ tiếp cận hơn bằng cách sử dụng các mẫu nước bọt tươi và khô kết hợp với khuếch đại đẳng nhiệt qua trung gian vòng (LAMP) và so sánh phương pháp này với NPS và PCR. Ngoài ra, chúng tôi đã kiểm tra tính khả thi của việc sử dụng mẫu nước bọt khô (DS) trên giấy lọc bằng LAMP. Nghiên cứu LAMP được thực hiện tại hai bệnh viện ở Sumba, nơi PCR chưa sẵn có và khó có thể sẵn sàng trong tương lai gần. LAMP kết hợp với NPS hoặc nước bọt tươi được phát hiện là cung cấp giải pháp thay thế dễ tiếp cận để chẩn đoán COVID-19 ở những nơi có nguồn lực hạn chế, bị cô lập và từ xa mà không cần tiếp cận PCR, với khả năng cải thiện hiệu suất xét nghiệm thông qua các quy trình được tối ưu hóa để thu thập và xử lý mẫu và lựa chọn mục tiêu gen.