Bối cảnh nghiên cứu

Các nghiên cứu trước đây của OUCRU đã xác nhận sự đồng lưu hành của cả bốn tuýp virus Dengue tại Việt Nam, trong đó DENV-1 và DENV-2 chiếm ưu thế. Tuy nhiên, thông tin cập nhật về các tuýp huyết thanh và kiểu gen đang thịnh hành ở TP HCM còn hạn chế. Sự thiếu hụt thông tin này gây khó khăn cho việc dự đoán và kiểm soát các đợt bùng phát dịch tại thành phố.

Năm 2022, TP HCM đã trải qua một đợt bùng phát sốt xuất huyết lớn với 54.026 ca bệnh được ghi nhận tính đến ngày 11/9/2022, cao hơn khoảng 536,7% so với năm 2021. Một trong những nguyên nhân có thể lý giải cho sự gia tăng đột biến này là sự xuất hiện của các dòng virus mới. Một nghiên cứu khác của OUCRU (đã được bình duyệt tại tạp chí EiD) đã xác định hai dòng DENV-2 Cosmopolitan mới nổi đang lưu hành tại thành phố. Dữ liệu giải trình tự gen sơ bộ cho thấy những dòng này có thể đã xâm nhập từ bên ngoài Việt Nam.

Mục tiêu nghiên cứu:

1. Mô tả các tuýp huyết thanh và kiểu gen virus Dengue hiện đang lưu hành tại TP HCM.
2. Nghiên cứu sự xuất hiện của các dòng DENV-2 Cosmopolitan mới được phát hiện ở TP HCM, bao gồm cả cách thức và thời điểm chúng xâm nhập.
3. Tạo dữ liệu virus học để hỗ trợ công tác dự báo và kiểm soát dịch bệnh, đặc biệt là các công cụ dự báo sốt xuất huyết đang được HCDC và OUCRU phát triển.

Nâng cao năng lực:

OUCRU sẽ hỗ trợ HCDC xây dựng Quy trình vận hành tiêu chuẩn (SOP) và tổ chức các khóa đào tạo về kỹ thuật xác định tuýp huyết thanh bằng RT-PCR và giải trình tự bộ gen thế hệ mới.

Sự hợp tác này giúp tăng cường năng lực giám sát phân tử của HCDC và hỗ trợ lực hợp tác này nhằm tăng cường năng lực giám sát phân tử của HCDC và hỗ trợ các chương trình kiểm soát bệnh sốt xuất huyết trên toàn quốc.

Thiết kế nghiên cứu:

Nghiên cứu này sẽ phân tích các mẫu virus sốt xuất huyết dengue để xác định kiểu huyết thanh, đo tải lượng virus trong máu và khảo sát sự đa dạng di truyền cũng như mức độ lan rộng của virus dengue týp 2 (DENV-2) thông qua các phương pháp sinh học phân tử và phân tích phát sinh chủng loại.

Địa điểm nghiên cứu: Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới (HTD), TP. Hồ Chí Minh

Số lượng: 300 mẫu bệnh nhân từ năm 2018 (khoa tổng quát + khoa ICU)

Phương pháp:

• RNA virus sẽ được tách chiết và kiểm tra bằng kỹ thuật qRT-PCR để xác định kiểu huyết thanh và Ä‘o tải lượng virus (viremia). Các mẫu DENV-2 có tải lượng virus cao sẽ được giải trình tá»± toàn bá»™ hệ gene, trong khi các mẫu còn lại sẽ được giải trình tá»± gene mã hóa protein vỏ (envelope gene).

• Dữ liệu di truyền thu được sẽ được kết hợp vá»›i các trình tá»± khu vá»±c hiện có trong cÆ¡ sở dữ liệu GenBank. Phân tích phát sinh chủng loại sẽ được thá»±c hiện bằng hai phÆ°Æ¡ng pháp: tối Ä‘a khả năng (maximum likelihood) và Bayesian MCMC (Markov Chain Monte Carlo).

Tiến độ: Nghiên cứu vẫn đang được tiến hành; phân tích trong phòng thí nghiệm đã hoàn tất; đang trong giai đoạn diễn giải dữ liệu và chuẩn bị bản thảo.